Das gemäß Abschnitt 2 nach den HACCP-Grundsätzen eingerichtete Überwachungssystem ist regelmäßig bezüglich seiner Wirksamkeit zu prüfen und zu aktualisieren. Auch bei wesentlichen Änderungen der betrieblichen Abläufe muss eine Aktualisierung erfolgen. Die Wirksamkeit des Systems kann z. B. anhand der Auswertung der Aufzeichnungen über Warenlieferungsmängel, Störungen im Herstellungsprozess und Kundenreklamationen geprüft werden.
Ein nicht richtig funktionierendes System kann z. B. folgende Ursachen haben: Das Überwachungsverfahren für einen Kritischen Kontrollpunkt ist nicht praxisgerecht oder die Mitarbeiter konnten die Anforderungen des Systems nicht umsetzen, z. B. wegen Verständnisschwierigkeiten oder Arbeitsüberlastung.
Wird eine nicht ausreichende Wirksamkeit des Systems festgestellt, sind Maßnahmen zur Verbesserung zu ergreifen.